Penginapan di Pulau Tidung kebanyakan berupa Homestay yaitu rumah - rumah penduduk yang sengaja untuk di sewakan kepada para wisatawan. Namun ada juga penginapan yang bukan berupa homestay bahkan bisa di katakan sekelas hotel melati dan berada di tepian pantai. Berikut ini beberapa nama penginapan yang berada di tepian pantai :

  1. Penginapan lima saudara
  2. Penginapan Enjoy
  3. Penginapan Saradita
  4. Penginapan Griya Rahma
  5. Penginapan Ananda
  6. dan lainnya.

Semua penginapan terdiri dari beberapa kamar. Harga pada tiap- tiap kamar berbeda - beda tergantung pasilitasnya.  Pada hari weekand biasanya tarifnya lebih mahal di bandingkan pada hari biasa. Jika ingin berkunjung ke Pulau Tidung sebaiknya menggunakan jasa agen travel agar waktu liburan anda tidak tersita hanya untuk mencari penginapan serta keperluan lainnya.